济宁医学院创建于1952年，始称山东省济宁医士学校。经山东省人民委员会批准，1958年更名为济宁医学院，后多次更名，1987年1月经国家教委批准，恢复校名济宁医学院。学校现有济宁太白湖校区、任城校区和日照校区，与济宁国家高新区共建教学科技园，占地总面积106万平方米，建筑面积47万平方米。

学校是一所以医学教育为主体，医、理、工、管、文等多学科协调发展的省属普通本科高等医科院校，作为临床医学硕士专业学位授权单位和教育部本科教学水平评估优秀高校，以优异成绩通过教育部临床医学专业认证；有19个教学单位、36个本科专业，其中，国家级一流本科专业2个、省级一流本科专业18个；面向全国29个省（市、区）招生，现有全日制在校生17000余人；有国家级特色专业建设点、综合改革试点项目、卓越医生教育培养计划4项，国家级示范中心、国际合作实验室4个，实验教学示范中心、人才培养模式创新实验区、教学团队等10个；有国家级一流本科课程4门、省级一流本科课程20门，国家级精品课程、精品资源共享课、省级精品课程等34门。学校认真落实立德树人根本任务，不断深化教育教学改革，为社会培养了大批高素质医药卫生人才，广大毕业生以“业务扎实、品德高尚、作风朴实” 受到广泛好评。“十三五”以来，荣获山东省高等教育省级教学成果奖14项，其中一等奖3项；省级以上教学竞赛奖40余项，其中特等奖1项、一等奖6项、二等奖7项；省级以上科技创新、学科竞赛奖近300项，其中国家级奖励32项、省级特等奖16项、省级一等奖46项。

现有教职工1560人，其中专任教师1268人，高级职称教师616人，硕士以上学位教师占比达94.8%，博士、硕士研究生导师499人；有泰山学者9人、省有突出贡献的中青年专家3人、享受政府特殊津贴人员4人；全国优秀教师1人，省级教学名师10人，省市级专业技术拔尖人才10人，齐鲁卫生与健康杰出青年14人。

临床医学、药理学与毒理学学科进入ESI全球排名前1%，构建“345雁阵式”学科发展体系，有省高水平培育学科1个，省中医药等重点学科7个，省级青年创新团队15个，立项建设省级培育科研创新团队18个。现有国家级博士后科研工作站1个，国家级科研平台1个，山东省院士工作站1个，山东省出生缺陷研究与转化协同创新中心等省厅级科研平台24个，国家级临床重点专科3个，国家级中医药临床重点专科培育项目1个，省级专科区域医疗中心1项，省级临床重点专科26个，省级临床精品特色专科3个，省重点学科5项。2016年以来，获省级、厅级奖励100余项，授权发明专利58项，发表ESI高被引论文44篇。获批山东省新一轮科技成果转化综合试点单位及山东省高等学校科技成果转化和技术转移基地。中华医学会行为医学分会、山东省医学会行为医学分会、山东省神经科学学会和山东省医学会法医学分会挂靠学校，主办《中华行为医学与脑科学杂志》《中华诊断学电子杂志》和《济宁医学院学报》。司法鉴定中心被授予“全国公共法律服务工作先进集体”，是山东省法学院校法治人才培训基地、省服务标准化建设示范单位、省法医规范化培训基地，为山东省唯一法医全领域领军机构。

学校根植孔孟之乡，传承儒家思想，办医学圣地教育，育儒风海韵人才。建校以来，始终坚持“为国家育人才，为大众谋健康”办学宗旨，秉承“明德、仁爱、博学、至善”校训，弘扬“求精、求是”校风，形成“诲人不倦”的教风和“学而不厌”的学风，明确“三区一园”办学格局，致力于培养“品德高尚、业务精湛、身心健康”的应用型人才。

有1所直属附属医院，13所非直属附属医院，196个实践教学基地。其中，济宁医学院附属医院为山东省区域医疗中心，固定资产总值25.03亿元，开放床位4100张，在国家三级公立医院绩效考核中，医院连续4年全国百强，国家监测指标等级A+；在山东省卫生健康事业单位绩效考核中连续3年全省前五，多次荣获国家卫健委、省卫健委通报表扬，综合实力跃居全国同级医院第一方阵。

多年来，学校深入实施开放办学，广泛吸纳多元文明成果，先后与英国华威大学、英国莱斯特大学、瑞典卡罗林斯卡医学院、俄罗斯普利沃茨斯基研究型医科大学、埃及阿勒旺大学、韩国忠南大学、马来西亚马来亚大学、司法部司法鉴定科学研究院、深圳华大基因研究院、上海交通大学、香港国际健康促进协会等多所国（境）内外高校和科研院所开展合作项目，在联合办学、教师和学生互派、文化学术交流等领域建立了广泛而深入的合作。